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Virologue à l'Institut militaire de recherches médicales de San Francisco, Sam Daniels est confronté à une étrange épidémie. Touchés au même moment par les mêmes symptômes, les habitants d'une petite ville prennent d'assaut l'hôpital... Très rapidement, la petite ville est placée en quarantaine.

Avec son équipe, Daniels avait déjà isolé et analysé un nouveau virus. Transmis par des singes et fatal, il s'était attaqué aux habitants d'un village africain. Mais les recherches sur l'évolution de ce virus seront bizarrement interrompues par les autorités militaires américaines...

Lorsqu'il comprend que la contamination de la population de Cedar Creek est générée par un virus dont la configuration génétique est semblable à celle du mal repéré dans la forêt africaine... Sam n'a plus de doute. La contagion s'est installée et se propage aux Etats-Unis. Qui a importé la maladie ? Et par quelles voies a-t-elle pu se répandre ?

Dans sa course contre la mort, Daniel tente aussi de se rapprocher de son ex-épouse, le Dr Roberta Keough, à la tête d'un service d'hygiène et d'épidémiologie. Ensemble, ils vont remonter la chaîne jusqu'au premier patient contaminé, jusqu'à la cause de l'apparition du virus dont le donneur est un singe en provenance d'Afrique...